山形市では、「山形市特定非営利活動法人に対する市民税の課税免除条例」及び「同施行規則」を制定し、平成１９年３月１６日から施行しております。
下記の条件を満たす場合は、課税免除申請を行うことにより、市民税の均等割が免除されます。
申請審査の後、課税免除決定された場合は、納付した法人市民税（均等割）は還付（納付された税額をお返しする）されます。
期限内に申請がないものは課税免除を受けることができませんので、課税免除を希望する法人は下記の申請期限までに忘れずに申請ください。

○収益事業を行っていない場合
申請期限：４月３０日（同日が休日の場合は翌営業日が期限となります）
前年４月１日から３月３１日までの期間中の法人市民税均等割申告書を提出し、併せてその税額を納付するとともに、課税免除申請書等により申請を行ってください。

○収益事業を行っている法人で、設立の日以後３年以内で収益が黒字でない場合
申請期限：事業年度終了後２ヶ月以内（確定申告期限）
法人市民税の確定申告書を提出し、併せてその税額を納付するとともに、課税免除申請書等により事業年度終了後２ヶ月以内に申請してください。

詳細は下記Webサイトをご覧ください
NPO法人の法人市民税について（山形市公式ホームページ）