NPO法人になると、NPO法の規定に従うことはもちろん、その他の法令上の義務、さらに定款に定めた運営を行う義務が生じます。
NPO法では、毎年1回以上総会を開くこと、適正に会計処理を行い、貸借対照表、活動(収支)計算書等を作成すること、これらを含めた事業報告書等を所轄庁へ提出するとともに、事務所に備え置くこと等が定められています。
また、法務局への登記や税務署、県財務事務所等への申告など、税金に関する諸手続が必要になります。