ＮＰＯ法人に対する税金は、株式会社等の営利法人に適用される税制よりは優遇されていますが、公益法人ほどには優遇はされておらず、これらの中間的な位置にあると言えます。ＮＰＯ法人に対する税金は様々なものがありますが、ここでは主なものについて説明します。
まず、法人の存在そのものに課税される税金として、法人市町村民税均等割（５万円）と法人県民税均等割（２万円）があります。
ただし、山形市では、ＮＰＯ法の趣旨等から税法上の収益事業を行わないＮＰＯ法人に対する法人市民税均等割を課税免除しています。また、収益事業を行っている場合でも、収益事業が黒字でない場合については、法人設立後から３年間に限り法人市民税均等割を課税免除しています（山形県にも同様の制度があります）。
次に税法上の収益事業（法人税法施行令に定められている３４業種）から生じた所得に対する税金があります。
国税である法人税は、収益事業については、株式会社等と同様に課税されます。（一定額までは軽減税率）
市税である法人市町村民税の法人税割も収益事業に対し課税されます。ここで、注意しなければならない点は、ＮＰＯ法上の特定非営利活動であっても、税法上の収益事業に該当すれば、課税されるということです。
ＮＰＯ法人に関係する税には、消費税もあります。消費税は、個人・法人を問わず事業者が行う国内における資産の譲渡、貸付、サービスの提供に対して課せられるものです。
ＮＰＯ法人の基準期間（前々事業年度）における課税売上高が１，０００万円を超える場合には、消費税の納税義務が生じます。これ以外には、印紙税、固定資産税、自動車取得税、自動車税、軽自動車税などがありますが、これらは個人でも支払うことのある一般的なものです。

○法人格を取得したら…
山形市の市民税課や山形県の県民税の担当課に、「法人設立等届出書」の提出が必要になります。また、収益事業を行わない場合には、減免申請書の提出も必要です。
なお、収益事業を開始した場合には、山形市や山形県への届出のほか税務署への届出も必要になります。
職員給与や講師謝金の支払いをする場合には、源泉徴収義務者の届出が必要となるなど、法人化することにより各種書類の提出義務が生じてきますので、収益事業を行わなくても、税務署に相談されることをお勧めします。