ＮＰＯ法人が、法令等に違反する疑いがあると認められる相当な理由があるときには、所轄庁は、そのＮＰＯ法人に対して報告を求めることや、立ち入り検査を行うことができます。
また、ＮＰＯ法人がＮＰＯ法上の要件を満たさなくなった場合や、法令違反、定款違反などが認められる場合、所轄庁はそのＮＰＯ法人に対して改善措置を命令することができます。
この改善命令に違反し他の方法では監督の目的を達成できない場合や３年以上にわたって事業報告書等法定の書類を提出しない場合、所轄庁は聴聞を経て設立の認証を取り消すことができます。
法令違反があり、命令によっては改善が期待できないことが明らかな場合、所轄庁は、改善命令を経ることなく認証を取り消すことができます。また、設立認証後、6ヶ月を経過した後も設立登記をしないな合い、所轄庁は、認証を取り消すことができます。
そして、所轄庁は、ＮＰＯ法人が暴力団である疑いがある場合、暴力団やその構成員の統制下にある団体又は役員が暴力団の構成員等である疑いがあると認められるときは、県警本部長等の意見を聴くことができます。